Kurikulum Program Studi Magister (S2) Teknik Sipil Universitas Mulawarman disusun untuk mendukung pengembangan kompetensi di bidang Struktur, Transportasi, serta Keairan & Geoteknik, dengan total beban studi 54 SKS yang dapat ditempuh dalam minimal empat semester. Rincian lengkap mata kuliah dan distribusi SKS dapat dilihat pada dokumen berikut.